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| 08.11.2008 | 14:30 | SpVgg Ansbach | - | TSV 1896 Rain | 1:0 | |
| 14:30 | FC Memmingen | - | Würzburger FV | 1:1 | ||
| 14:30 | Würzburger Kickers | - | 1. FC Bad Kötzting | 2:1 | ||
| 14:30 | SpVgg Bayern Hof | - | SV Seligenporten | 4:2 | ||
| 14:30 | SpVgg Weiden | - | FSV Erlangen-Bruck | 3:2 | ||
| 14:30 | TSV Buchbach | - | VfL Frohnlach | 0:0 | ||
| 14:30 | TSG Thannhausen | - | SpVgg Bayreuth | 0:1 | ||
| 15:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Ismaning | 1:3 | ||
| 09.11.2008 | 14:30 | TSV Aindling | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 4:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Weiden | 18 | 11 | 5 | 2 | 34:18 | 16 | 38 |
| 2 |
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SpVgg Bayreuth | 18 | 10 | 4 | 4 | 33:22 | 11 | 34 |
| 3 |
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FC Memmingen | 18 | 10 | 4 | 4 | 28:17 | 11 | 34 |
| 4 |
|
TSV Aindling | 18 | 9 | 6 | 3 | 37:17 | 20 | 33 |
| 5 |
|
SpVgg Bayern Hof | 18 | 8 | 6 | 4 | 28:16 | 12 | 30 |
| 6 |
|
FC Ismaning | 18 | 9 | 2 | 7 | 42:28 | 14 | 29 |
| 7 |
|
TSV Buchbach | 18 | 7 | 6 | 5 | 29:19 | 10 | 27 |
| 8 |
|
1. FC Bad Kötzting | 18 | 8 | 3 | 7 | 31:32 | -1 | 27 |
| 9 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 18 | 7 | 5 | 6 | 30:27 | 3 | 26 |
| 10 |
|
SpVgg Ansbach | 18 | 7 | 5 | 6 | 23:23 | 0 | 26 |
| 11 |
|
VfL Frohnlach | 18 | 7 | 3 | 8 | 35:33 | 2 | 24 |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 II | 18 | 6 | 5 | 7 | 20:25 | -5 | 23 |
| 13 |
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SV Seligenporten | 18 | 4 | 9 | 5 | 22:28 | -6 | 21 |
| 14 |
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TSG Thannhausen | 18 | 6 | 2 | 10 | 28:33 | -5 | 20 |
| 15 |
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Würzburger FV | 18 | 2 | 8 | 8 | 20:32 | -12 | 14 |
| 16 |
|
Würzburger Kickers | 18 | 4 | 2 | 12 | 25:47 | -22 | 14 |
| 17 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 18 | 3 | 4 | 11 | 19:44 | -25 | 13 |
| 18 |
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TSV 1896 Rain | 18 | 3 | 3 | 12 | 20:43 | -23 | 12 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
