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| 15.11.2008 | 14:30 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | SpVgg Ansbach | 0:2 | |
| 14:30 | 1. FC Bad Kötzting | - | SpVgg Weiden | 0:0 | ||
| 14:30 | FC Ismaning | - | TSV Aindling | 0:4 | ||
| 14:30 | TSV 1896 Rain | - | Würzburger Kickers | 4:1 | ||
| 14:30 | SpVgg Bayreuth | - | TSV Buchbach | 3:0 | ||
| 14:30 | SV Seligenporten | - | TSG Thannhausen | 0:3 | ||
| 14:30 | VfL Frohnlach | - | FC Memmingen | 2:0 | ||
| 14:30 | Würzburger FV | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||
| 16.11.2008 | 14:30 | FSV Erlangen-Bruck | - | SpVgg Bayern Hof | 2:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 19 | 11 | 6 | 2 | 34:18 | 16 | 39 |
| 2 |
|
SpVgg Bayreuth | 19 | 11 | 4 | 4 | 36:22 | 14 | 37 |
| 3 |
|
TSV Aindling | 19 | 10 | 6 | 3 | 41:17 | 24 | 36 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 19 | 10 | 4 | 5 | 28:19 | 9 | 34 |
| 5 |
|
SpVgg Bayern Hof | 19 | 8 | 6 | 5 | 28:18 | 10 | 30 |
| 6 |
|
FC Ismaning | 19 | 9 | 2 | 8 | 42:32 | 10 | 29 |
| 7 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 19 | 8 | 5 | 6 | 32:27 | 5 | 29 |
| 8 |
|
SpVgg Ansbach | 19 | 8 | 5 | 6 | 25:23 | 2 | 29 |
| 9 |
|
1. FC Bad Kötzting | 19 | 8 | 4 | 7 | 31:32 | -1 | 28 |
| 10 |
|
TSV Buchbach | 19 | 7 | 6 | 6 | 29:22 | 7 | 27 |
| 11 |
|
VfL Frohnlach | 19 | 8 | 3 | 8 | 37:33 | 4 | 27 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 19 | 7 | 5 | 7 | 22:26 | -4 | 26 |
| 13 |
|
TSG Thannhausen | 19 | 7 | 2 | 10 | 31:33 | -2 | 23 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 19 | 4 | 9 | 6 | 22:31 | -9 | 21 |
| 15 |
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TSV 1896 Rain | 19 | 4 | 3 | 12 | 24:44 | -20 | 15 |
| 16 |
|
Würzburger FV | 19 | 2 | 8 | 9 | 21:34 | -13 | 14 |
| 17 |
|
Würzburger Kickers | 19 | 4 | 2 | 13 | 26:51 | -25 | 14 |
| 18 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 19 | 3 | 4 | 12 | 19:46 | -27 | 13 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
