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| 17.04.2009 | 18:00 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | SpVgg Bayreuth | 2:1 | |
| 18:15 | FSV Erlangen-Bruck | - | VfL Frohnlach | 2:2 | ||
| 19:00 | SpVgg Weiden | - | TSV Aindling | 0:0 | ||
| 18.04.2009 | 15:00 | Würzburger Kickers | - | SpVgg Ansbach | 4:0 | |
| 15:00 | 1. FC Bad Kötzting | - | Würzburger FV | 0:0 | ||
| 15:00 | TSV 1896 Rain | - | FC Ismaning | 2:3 | ||
| 15:00 | SV Seligenporten | - | TSV Buchbach | 1:0 | ||
| 15:00 | TSG Thannhausen | - | FC Memmingen | 0:1 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 28 | 18 | 7 | 3 | 49:24 | 25 | 61 |
| 2 |
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TSV Aindling | 28 | 15 | 9 | 4 | 58:24 | 34 | 54 |
| 3 |
|
SpVgg Bayreuth | 28 | 13 | 9 | 6 | 42:28 | 14 | 48 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 28 | 14 | 6 | 8 | 34:27 | 7 | 48 |
| 5 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 28 | 12 | 9 | 7 | 50:35 | 15 | 45 |
| 6 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 28 | 11 | 8 | 9 | 37:34 | 3 | 41 |
| 7 |
|
FC Ismaning | 28 | 12 | 3 | 13 | 55:48 | 7 | 39 |
| 8 |
|
TSV Buchbach | 28 | 10 | 8 | 10 | 39:37 | 2 | 38 |
| 9 |
|
1. FC Bad Kötzting | 28 | 10 | 7 | 11 | 39:46 | -7 | 37 |
| 10 |
|
VfL Frohnlach | 28 | 10 | 6 | 12 | 50:48 | 2 | 36 |
| 11 |
|
SpVgg Bayern Hof | 28 | 10 | 6 | 12 | 36:36 | 0 | 36 |
| 12 |
|
SpVgg Ansbach | 28 | 9 | 9 | 10 | 32:38 | -6 | 36 |
| 13 |
|
TSG Thannhausen | 28 | 10 | 4 | 14 | 42:46 | -4 | 34 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 28 | 6 | 14 | 8 | 31:41 | -10 | 32 |
| 15 |
|
Würzburger FV | 28 | 5 | 12 | 11 | 36:48 | -12 | 27 |
| 16 |
|
TSV 1896 Rain | 28 | 7 | 6 | 15 | 37:58 | -21 | 27 |
| 17 |
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Würzburger Kickers | 28 | 8 | 2 | 18 | 46:66 | -20 | 26 |
| 18 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 28 | 7 | 5 | 16 | 31:60 | -29 | 26 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
