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| 25.04.2009 | 15:00 | FC Ismaning | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:2 | |
| 15:00 | SpVgg Ansbach | - | SpVgg Weiden | 0:3 | ||
| 15:00 | Würzburger FV | - | TSV 1896 Rain | 3:0 | ||
| 15:00 | SpVgg Bayreuth | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||
| 15:00 | FC Memmingen | - | SV Seligenporten | 4:0 | ||
| 15:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSG Thannhausen | 1:1 | ||
| 15:00 | VfL Frohnlach | - | 1. FC Bad Kötzting | 6:0 | ||
| 17:00 | TSV Buchbach | - | FSV Erlangen-Bruck | 1:1 | ||
| 26.04.2009 | 15:00 | TSV Aindling | - | SpVgg Bayern Hof | 1:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Weiden | 29 | 19 | 7 | 3 | 52:24 | 28 | 64 |
| 2 |
|
TSV Aindling | 29 | 15 | 10 | 4 | 59:25 | 34 | 55 |
| 3 |
|
SpVgg Bayreuth | 29 | 14 | 9 | 6 | 44:28 | 16 | 51 |
| 4 |
|
FC Memmingen | 29 | 15 | 6 | 8 | 38:27 | 11 | 51 |
| 5 |
|
FSV Erlangen-Bruck | 29 | 12 | 10 | 7 | 51:36 | 15 | 46 |
| 6 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 29 | 11 | 9 | 9 | 38:35 | 3 | 42 |
| 7 |
|
VfL Frohnlach | 29 | 11 | 6 | 12 | 56:48 | 8 | 39 |
| 8 |
|
FC Ismaning | 29 | 12 | 3 | 14 | 55:50 | 5 | 39 |
| 9 |
|
TSV Buchbach | 29 | 10 | 9 | 10 | 40:38 | 2 | 39 |
| 10 |
|
SpVgg Bayern Hof | 29 | 10 | 7 | 12 | 37:37 | 0 | 37 |
| 11 |
|
1. FC Bad Kötzting | 29 | 10 | 7 | 12 | 39:52 | -13 | 37 |
| 12 |
|
SpVgg Ansbach | 29 | 9 | 9 | 11 | 32:41 | -9 | 36 |
| 13 |
|
TSG Thannhausen | 29 | 10 | 5 | 14 | 43:47 | -4 | 35 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 29 | 6 | 14 | 9 | 31:45 | -14 | 32 |
| 15 |
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Würzburger FV | 29 | 6 | 12 | 11 | 39:48 | -9 | 30 |
| 16 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 29 | 8 | 5 | 16 | 33:60 | -27 | 29 |
| 17 |
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TSV 1896 Rain | 29 | 7 | 6 | 16 | 37:61 | -24 | 27 |
| 18 |
|
Würzburger Kickers | 29 | 8 | 2 | 19 | 46:68 | -22 | 26 |
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# Erstmals seit der Saison 1977/78 beendeten drei Teams in der Abstiegszone die Saison punktgleich. Daher mussten zwischen dem TSV Rain am Lech, dem Würzburger FV und dem FV Seligenporten drei Entscheidungsspiele um Klassenerhalt, Relegation bzw. Abstieg ausgetragen werden. Aufsteiger Rain siegte 2:0 gegen Würzburg und 5:1 gegen Seligenporten und hielt so die Klasse. Im dritten Spiel gewann Seligenporten 4:0 gegen Würzburg, womit nach den Kickers auch der zweite Würzburger Verein absteigen musste. Seligenporten sicherte schließlich in den Relegationsspielen die Zugehörigkeit zur Bayernliga. |
