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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 25 | 15 | 9 | 1 | 32:3 | 29 | 54 |
| 2 |
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FC Memmingen | 25 | 13 | 8 | 4 | 26:12 | 14 | 47 |
| 3 |
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FC Augsburg II | 25 | 12 | 7 | 6 | 24:12 | 12 | 43 |
| 4 |
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Bayern München II | 25 | 9 | 11 | 5 | 16:9 | 7 | 38 |
| 5 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 25 | 10 | 8 | 7 | 21:17 | 4 | 38 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 25 | 9 | 10 | 6 | 16:13 | 3 | 37 |
| 7 |
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FV Illertissen | 25 | 9 | 8 | 8 | 17:17 | 0 | 35 |
| 8 |
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SpVgg Bayreuth | 25 | 8 | 8 | 9 | 18:21 | -3 | 32 |
| 9 |
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1. FC Nürnberg II | 25 | 7 | 10 | 8 | 23:22 | 1 | 31 |
| 10 |
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TSV 1860 München II | 25 | 7 | 10 | 8 | 12:12 | 0 | 31 |
| 11 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 25 | 6 | 12 | 7 | 17:16 | 1 | 30 |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 II | 25 | 7 | 9 | 9 | 12:16 | -4 | 30 |
| 13 |
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SV Seligenporten | 25 | 6 | 12 | 7 | 15:21 | -6 | 30 |
| 14 |
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TSV 1860 Rosenheim | 25 | 5 | 14 | 6 | 8:11 | -3 | 29 |
| 15 |
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SV Schalding-Heining | 25 | 6 | 11 | 8 | 13:18 | -5 | 29 |
| 16 |
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VfR Garching | 25 | 6 | 6 | 13 | 15:29 | -14 | 24 |
| 17 |
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TSV Buchbach | 25 | 4 | 7 | 14 | 12:28 | -16 | 19 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 25 | 3 | 6 | 16 | 12:32 | -20 | 15 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
