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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 31 | 21 | 9 | 1 | 47:11 | 36 | 72 |
| 2 |
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TSV 1860 München II | 31 | 14 | 10 | 7 | 25:14 | 11 | 52 |
| 3 |
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1. FC Nürnberg II | 31 | 13 | 9 | 9 | 40:34 | 6 | 48 |
| 4 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 31 | 12 | 12 | 7 | 32:29 | 3 | 48 |
| 5 |
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FC Augsburg II | 31 | 11 | 12 | 8 | 26:18 | 8 | 45 |
| 6 |
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SpVgg Bayreuth | 31 | 12 | 9 | 10 | 28:25 | 3 | 45 |
| 7 |
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VfR Garching | 31 | 11 | 11 | 9 | 31:28 | 3 | 44 |
| 8 |
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Bayern München II | 31 | 9 | 15 | 7 | 30:23 | 7 | 42 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 II | 31 | 11 | 8 | 12 | 28:30 | -2 | 41 |
| 10 |
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Wacker Burghausen | 31 | 9 | 12 | 10 | 25:25 | 0 | 39 |
| 11 |
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FV Illertissen | 31 | 9 | 12 | 10 | 18:20 | -2 | 39 |
| 12 |
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TSV 1860 Rosenheim | 31 | 10 | 9 | 12 | 27:32 | -5 | 39 |
| 13 |
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FC Memmingen | 31 | 8 | 14 | 9 | 27:26 | 1 | 38 |
| 14 |
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SV Schalding-Heining | 31 | 9 | 9 | 13 | 29:32 | -3 | 36 |
| 15 |
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TSV Buchbach | 31 | 9 | 9 | 13 | 21:27 | -6 | 36 |
| 16 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 31 | 9 | 8 | 14 | 16:28 | -12 | 35 |
| 17 |
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SV Seligenporten | 31 | 6 | 7 | 18 | 21:45 | -24 | 25 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 31 | 4 | 9 | 18 | 14:38 | -24 | 21 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
