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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 34 | 18 | 12 | 4 | 41:10 | 31 | 66 |
| 2 |
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FC Augsburg II | 34 | 19 | 8 | 7 | 38:16 | 22 | 65 |
| 3 |
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FC Memmingen | 34 | 17 | 9 | 8 | 32:19 | 13 | 60 |
| 4 |
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Bayern München II | 34 | 13 | 15 | 6 | 27:16 | 11 | 54 |
| 5 |
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SV Schalding-Heining | 34 | 12 | 11 | 11 | 26:27 | -1 | 47 |
| 6 |
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FV Illertissen | 34 | 12 | 11 | 11 | 24:25 | -1 | 47 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 34 | 11 | 14 | 9 | 20:25 | -5 | 47 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 34 | 10 | 15 | 9 | 27:19 | 8 | 45 |
| 9 |
|
TSV 1860 München II | 34 | 11 | 11 | 12 | 18:18 | 0 | 44 |
| 10 |
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TSV 1860 Rosenheim | 34 | 8 | 19 | 7 | 15:17 | -2 | 43 |
| 11 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 34 | 11 | 10 | 13 | 23:26 | -3 | 43 |
| 12 |
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1. FC Nürnberg II | 34 | 10 | 12 | 12 | 30:30 | 0 | 42 |
| 13 |
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SV Seligenporten | 34 | 8 | 16 | 10 | 18:27 | -9 | 40 |
| 14 |
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SpVgg Bayreuth | 34 | 9 | 12 | 13 | 20:27 | -7 | 39 |
| 15 |
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VfR Garching | 34 | 9 | 10 | 15 | 23:34 | -11 | 37 |
| 16 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 34 | 7 | 15 | 12 | 22:26 | -4 | 36 |
| 17 |
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TSV Buchbach | 34 | 7 | 11 | 16 | 18:34 | -16 | 32 |
| 18 |
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SpVgg Bayern Hof | 34 | 4 | 9 | 21 | 20:46 | -26 | 21 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
