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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Magdeburg | 10 | 7 | 1 | 2 | 19:7 | 12 | 22 |
| 2 |
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SV Babelsberg 03 | 9 | 6 | 2 | 1 | 14:4 | 10 | 20 |
| 3 |
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SV Wilhelmshaven | 10 | 5 | 3 | 2 | 14:11 | 3 | 18 |
| 4 |
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Holstein Kiel | 9 | 5 | 3 | 1 | 10:7 | 3 | 18 |
| 5 |
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VfL Wolfsburg II | 10 | 5 | 2 | 3 | 17:10 | 7 | 17 |
| 6 |
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VFC Plauen | 10 | 5 | 2 | 3 | 18:15 | 3 | 17 |
| 7 |
|
Hansa Rostock II | 10 | 5 | 2 | 3 | 16:15 | 1 | 17 |
| 8 |
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Hertha BSC II | 10 | 5 | 2 | 3 | 11:10 | 1 | 17 |
| 9 |
|
VfB Lübeck | 10 | 4 | 3 | 3 | 16:12 | 4 | 15 |
| 10 |
|
Altona 93 | 9 | 4 | 2 | 3 | 11:13 | -2 | 14 |
| 11 |
|
Hallescher FC | 9 | 2 | 7 | 0 | 8:6 | 2 | 13 |
| 12 |
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Türkiyemspor Berlin | 9 | 4 | 1 | 4 | 9:10 | -1 | 13 |
| 13 |
|
FC Oberneuland | 9 | 3 | 3 | 3 | 11:10 | 1 | 12 |
| 14 |
|
Chemnitzer FC | 9 | 2 | 5 | 2 | 10:10 | 0 | 11 |
| 15 |
|
Hamburger SV II | 9 | 2 | 4 | 3 | 11:11 | 0 | 10 |
| 16 |
|
Hannover 96 II | 9 | 3 | 1 | 5 | 11:15 | -4 | 10 |
| 17 |
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Sachsen Leipzig | 10 | 1 | 3 | 6 | 3:17 | -14 | 6 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 10 | 1 | 2 | 7 | 4:18 | -14 | 5 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
