| 6. Spieltag | 02.09.2006 | TSV 1860 München II | - | VfB Stuttgart II | 1:4 |  |
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| 7. Spieltag | 08.09.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München II | 3:0 | ||||
| 8. Spieltag | 16.09.2006 | TSV 1860 München II | - | SV Darmstadt 98 | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 30.09.2006 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Saarbrücken | 3:1 | |
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| 11. Spieltag | 13.10.2006 | Sportfreunde Siegen | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 21.10.2006 | TSV 1860 München II | - | SSV Reutlingen | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 28.10.2006 | FK Pirmasens | - | TSV 1860 München II | 0:2 | |
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| 14. Spieltag | 04.11.2006 | TSV 1860 München II | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 11.11.2006 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 02.12.2006 | SV 07 Elversberg | - | TSV 1860 München II | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 09.12.2006 | TSV 1860 München II | - | VfR Aalen | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 03.03.2007 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:2 |  |
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| 29. Spieltag | 28.04.2007 | SSV Reutlingen | - | TSV 1860 München II | 2:2 | ||||
| 33. Spieltag | 26.05.2007 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 1:1 | |
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Deutschland