| 1. Spieltag | 18.08.2008 | MSV Duisburg | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 24.08.2008 | SV Wehen Wiesbaden | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 15.09.2008 | TSV 1860 München | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 19.09.2008 | MSV Duisburg | - | Alemannia Aachen | 3:2 | ||||
| 8. Spieltag | 19.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 9. Spieltag | 26.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 02.11.2008 | TuS Koblenz | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 30.11.2008 | Rot-Weiß Oberhausen | - | MSV Duisburg | 0:3 | ||||
| 16. Spieltag | 07.12.2008 | MSV Duisburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 17.05.2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | MSV Duisburg | 3:5 |  |
|||
| 34. Spieltag | 24.05.2009 | MSV Duisburg | - | VfL Osnabrück | 4:1 |
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