| 1. Spieltag | 21.09.2020 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 2:2 |  |
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| 2. Spieltag | 27.09.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:2 | ||||
| 3. Spieltag | 02.10.2020 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 1:0 | |
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| 4. Spieltag | 19.10.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 2:2 | |
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| 6. Spieltag | 30.10.2020 | Hamburger SV | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 21.11.2020 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:0 | |
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