8. Spieltag 09.09.2005 VfL Osnabrück - FC Carl Zeiss Jena 2:2 Tor
9. Spieltag 16.09.2005 FC Carl Zeiss Jena - SG Wattenscheid 09 1:0
10. Spieltag 21.09.2005 Rot-Weiss Essen - FC Carl Zeiss Jena 2:1 Tor
11. Spieltag 24.09.2005 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Köln II 2:1
12. Spieltag 01.10.2005 FC St. Pauli - FC Carl Zeiss Jena 1:2 gelbe Karte
13. Spieltag 15.10.2005 FC Carl Zeiss Jena - Hamburger SV II 2:1
14. Spieltag 22.10.2005 Werder Bremen II - FC Carl Zeiss Jena 0:2 gelbe Karte
16. Spieltag 05.11.2005 Kickers Emden - FC Carl Zeiss Jena 1:2 Tor
17. Spieltag 12.11.2005 FC Carl Zeiss Jena - VfB Lübeck 0:0
18. Spieltag 19.11.2005 Fortuna Düsseldorf - FC Carl Zeiss Jena 3:1
19. Spieltag 26.11.2005 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiß Oberhausen 4:1 Tor gelbe Karte
20. Spieltag 03.12.2005 FC Carl Zeiss Jena - Wuppertaler SV 1:2
21. Spieltag 10.12.2005 Bayer Leverkusen II - FC Carl Zeiss Jena 2:1
22. Spieltag 04.02.2006 FC Carl Zeiss Jena - Hertha BSC II 4:1 Tor
24. Spieltag 19.02.2006 FC Carl Zeiss Jena - Chemnitzer FC 3:1
28. Spieltag 17.03.2006 SG Wattenscheid 09 - FC Carl Zeiss Jena 0:3 TorTor gelbe Karte
23. Spieltag 21.03.2006 Preußen Münster - FC Carl Zeiss Jena 0:1 gelbe Karte
29. Spieltag 25.03.2006 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiss Essen 3:1 Tor
26. Spieltag 28.03.2006 Holstein Kiel - FC Carl Zeiss Jena 1:2 Tor gelb-rote Karte
31. Spieltag 08.04.2006 FC Carl Zeiss Jena - FC St. Pauli 1:0
32. Spieltag 16.04.2006 Hamburger SV II - FC Carl Zeiss Jena 0:1
27. Spieltag 19.04.2006 FC Carl Zeiss Jena - VfL Osnabrück 1:0
33. Spieltag 23.04.2006 FC Carl Zeiss Jena - Werder Bremen II 0:0
34. Spieltag 29.04.2006 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 0:1
36. Spieltag 13.05.2006 VfB Lübeck - FC Carl Zeiss Jena 0:0
37. Spieltag 20.05.2006 FC Carl Zeiss Jena - Fortuna Düsseldorf 2:3
38. Spieltag 27.05.2006 Rot-Weiß Oberhausen - FC Carl Zeiss Jena 1:0