| 2. Spieltag | 20.08.2006 | SC Paderborn 07 | - | FC Augsburg | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 27.08.2006 | FC Augsburg | - | Rot-Weiss Essen | 0:0 | ||||
| 8. Spieltag | 23.10.2006 | TuS Koblenz | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 27.10.2006 | FC Augsburg | - | TSV 1860 München | 3:0 |  |
|||
| 10. Spieltag | 05.11.2006 | Erzgebirge Aue | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 08.11.2006 | FC Augsburg | - | SC Freiburg | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 12.11.2006 | MSV Duisburg | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 13. Spieltag | 19.11.2006 | FC Augsburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 24.11.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Augsburg | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 03.12.2006 | Kickers Offenbach | - | FC Augsburg | 3:2 | ||||
| 16. Spieltag | 10.12.2006 | FC Augsburg | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 15.12.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Augsburg | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 30.01.2007 | FC Augsburg | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 02.03.2007 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Augsburg | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 01.04.2007 | FC Augsburg | - | Erzgebirge Aue | 3:0 |
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