| 21. Spieltag | 20.01.2018 | Fortuna Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 28.01.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hallescher FC | 2:1 |  |
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| 23. Spieltag | 03.02.2018 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | |
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| 24. Spieltag | 10.02.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Sportfreunde Lotte | 2:2 | |
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| 25. Spieltag | 17.02.2018 | SG Sonnenhof Großaspach | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | |
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| 26. Spieltag | 25.02.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 27.03.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | Würzburger Kickers | 1:2 |  |
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| 32. Spieltag | 31.03.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV Zwickau | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 04.04.2018 | SV Meppen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 07.04.2018 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 6:0 | ||||
| 34. Spieltag | 14.04.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfR Aalen | 3:2 | ||||
| 30. Spieltag | 17.04.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Magdeburg | 1:5 | ||||
| 35. Spieltag | 21.04.2018 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:4 | |
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| 37. Spieltag | 05.05.2018 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 2:1 |
Deutschland