# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 23 16 3 4 55:25 30 51
2 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 23 15 2 6 35:22 13 47
3 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 23 13 4 6 47:19 28 43
4 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 23 12 5 6 32:20 12 41
5 Fortuna Köln, Deutschland Fortuna Köln 23 10 8 5 36:27 9 38
6 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 23 10 8 5 25:19 6 38
7 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 23 11 2 10 34:35 -1 35
8 Würzburger Kickers, Deutschland Würzburger Kickers 23 10 4 9 31:32 -1 34
9 SG Sonnenhof Großaspach, Deutschland SG Sonnenhof Großaspach 23 9 6 8 30:31 -1 33
10 SV Meppen, Deutschland SV Meppen 23 8 8 7 27:29 -2 32
11 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 23 8 7 8 31:31 0 31
12 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 23 7 7 9 32:33 -1 28
13 Sportfreunde Lotte, Deutschland Sportfreunde Lotte 23 8 4 11 27:32 -5 28
14 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 23 7 6 10 28:32 -4 27
15 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 23 7 6 10 25:31 -6 27
16 FSV Zwickau, Deutschland FSV Zwickau 23 7 6 10 25:33 -8 27
17 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 23 5 8 10 24:37 -13 23
18 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 23 3 8 12 20:38 -18 17
19 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 23 5 4 14 29:42 -13 10
20 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 23 3 6 14 14:39 -25 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen.

# Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt.