| 9. Spieltag | 17.09.2016 | Wuppertaler SV | - | FC Schalke 04 II | 0:2 |  |
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| 10. Spieltag | 24.09.2016 | FC Schalke 04 II | - | Viktoria Köln | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 02.10.2016 | Fortuna Düsseldorf II | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | |
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| 14. Spieltag | 23.10.2016 | FC Schalke 04 II | - | Rot Weiss Ahlen | 3:1 |  |
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| 15. Spieltag | 29.10.2016 | SC Verl | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 06.11.2016 | FC Schalke 04 II | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 12. Spieltag | 19.11.2016 | FC Schalke 04 II | - | Rot-Weiss Essen | 1:1 | |
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| 18. Spieltag | 26.11.2016 | FC Schalke 04 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 0:3 | ||||
| 17. Spieltag | 17.12.2016 | Borussia Dortmund II | - | FC Schalke 04 II | 0:0 |
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