# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 6 4 2 0 13:4 9 14
2 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 6 4 1 1 13:6 7 13
3 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 5 4 1 0 6:2 4 13
4 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 6 4 1 1 8:5 3 13
5 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 6 3 3 0 7:3 4 12
6 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 5 3 2 0 11:5 6 11
7 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 5 3 1 1 8:2 6 10
8 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 6 2 1 3 11:9 2 7
9 Altona 93, Deutschland Altona 93 6 2 1 3 10:10 0 7
10 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 6 2 1 3 5:9 -4 7
11 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 5 2 0 3 5:5 0 6
12 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 5 1 2 2 3:4 -1 5
13 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 5 1 1 3 7:10 -3 4
14 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 6 1 1 4 5:10 -5 4
15 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 5 0 3 2 3:6 -3 3
16 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 5 0 2 3 2:7 -5 2
17 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 6 0 2 4 5:12 -7 2
18 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 5 0 1 4 2:13 -11 1
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.