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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Magdeburg | 12 | 8 | 2 | 2 | 22:9 | 13 | 26 |
| 2 |
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SV Babelsberg 03 | 11 | 7 | 3 | 1 | 16:5 | 11 | 24 |
| 3 |
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Hansa Rostock II | 12 | 7 | 2 | 3 | 21:17 | 4 | 23 |
| 4 |
|
Holstein Kiel | 11 | 6 | 4 | 1 | 15:8 | 7 | 22 |
| 5 |
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Hertha BSC II | 12 | 6 | 3 | 3 | 12:10 | 2 | 21 |
| 6 |
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VfL Wolfsburg II | 12 | 6 | 2 | 4 | 22:13 | 9 | 20 |
| 7 |
|
VfB Lübeck | 12 | 5 | 4 | 3 | 18:13 | 5 | 19 |
| 8 |
|
Hallescher FC | 11 | 4 | 7 | 0 | 11:6 | 5 | 19 |
| 9 |
|
SV Wilhelmshaven | 12 | 5 | 3 | 4 | 14:14 | 0 | 18 |
| 10 |
|
VFC Plauen | 12 | 5 | 3 | 4 | 22:23 | -1 | 18 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 11 | 4 | 3 | 4 | 14:12 | 2 | 15 |
| 12 |
|
Chemnitzer FC | 11 | 3 | 6 | 2 | 12:10 | 2 | 15 |
| 13 |
|
Altona 93 | 11 | 4 | 2 | 5 | 12:18 | -6 | 14 |
| 14 |
|
Hamburger SV II | 11 | 3 | 4 | 4 | 13:12 | 1 | 13 |
| 15 |
|
Türkiyemspor Berlin | 11 | 4 | 1 | 6 | 9:14 | -5 | 13 |
| 16 |
|
Hannover 96 II | 11 | 3 | 2 | 6 | 13:18 | -5 | 11 |
| 17 |
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Sachsen Leipzig | 12 | 1 | 4 | 7 | 4:21 | -17 | 7 |
| 18 |
|
Energie Cottbus II | 12 | 1 | 3 | 8 | 5:20 | -15 | 6 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
