# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 3 3 0 0 8:1 7 9
2 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 3 3 0 0 4:1 3 9
3 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 3 2 1 0 6:1 5 7
4 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 3 2 1 0 6:2 4 7
5 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 3 2 1 0 5:2 3 7
6 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 3 2 1 0 4:1 3 7
7 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 3 2 0 1 3:2 1 6
8 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 3 1 1 1 3:3 0 4
9 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 3 1 0 2 7:5 2 3
10 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 3 1 0 2 3:3 0 3
11 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 3 1 0 2 4:5 -1 3
12 Altona 93, Deutschland Altona 93 3 1 0 2 3:4 -1 3
13 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 3 1 0 2 3:5 -2 3
14 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 3 0 2 1 3:4 -1 2
15 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 3 0 1 2 3:5 -2 1
16 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 3 0 1 2 2:4 -2 1
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 3 0 1 2 1:3 -2 1
18 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 3 0 1 2 2:8 -6 1
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.