1. Spieltag 02.08.2003 Preußen Münster - FC Schalke 04 II 1:3
2. Spieltag 09.08.2003 FC St. Pauli - Preußen Münster 1:1
3. Spieltag 16.08.2003 Preußen Münster - Borussia Dortmund II 0:2
4. Spieltag 23.08.2003 Dynamo Dresden - Preußen Münster 0:0
5. Spieltag 30.08.2003 Preußen Münster - Sachsen Leipzig 3:1
7. Spieltag 13.09.2003 Preußen Münster - 1. FC Köln II 0:4
9. Spieltag 27.09.2003 Preußen Münster - Werder Bremen II 0:2
11. Spieltag 11.10.2003 Preußen Münster - VfR Neumünster 2:2
12. Spieltag 18.10.2003 Rot-Weiss Essen - Preußen Münster 1:0
14. Spieltag 01.11.2003 Chemnitzer FC - Preußen Münster 1:0
15. Spieltag 08.11.2003 Preußen Münster - Eintracht Braunschweig 0:2
16. Spieltag 15.11.2003 Preußen Münster - SC Paderborn 07 3:1
17. Spieltag 21.11.2003 SG Wattenscheid 09 - Preußen Münster 1:1
19. Spieltag 06.12.2003 Preußen Münster - FC St. Pauli 2:0
18. Spieltag 21.02.2004 FC Schalke 04 II - Preußen Münster 0:2
21. Spieltag 06.03.2004 Preußen Münster - Dynamo Dresden 2:2
22. Spieltag 14.03.2004 Sachsen Leipzig - Preußen Münster 0:0
23. Spieltag 21.03.2004 Preußen Münster - Wuppertaler SV 1:1 gelbe Karte
24. Spieltag 27.03.2004 1. FC Köln II - Preußen Münster 2:1
20. Spieltag 30.03.2004 Borussia Dortmund II - Preußen Münster 1:1
26. Spieltag 10.04.2004 Werder Bremen II - Preußen Münster 4:3
28. Spieltag 25.04.2004 VfR Neumünster - Preußen Münster 0:0
29. Spieltag 01.05.2004 Preußen Münster - Rot-Weiss Essen 1:3
30. Spieltag 08.05.2004 KFC Uerdingen 05 - Preußen Münster 1:2
31. Spieltag 15.05.2004 Preußen Münster - Chemnitzer FC 1:0 Tor
32. Spieltag 22.05.2004 Eintracht Braunschweig - Preußen Münster 1:3
33. Spieltag 30.05.2004 SC Paderborn 07 - Preußen Münster 2:2
34. Spieltag 05.06.2004 Preußen Münster - SG Wattenscheid 09 1:0