1. Spieltag 16.08.1959 FC St. Pauli - VfB Lübeck 2:1
2. Spieltag 23.08.1959 Eintracht Osnabrück - FC St. Pauli 0:2
3. Spieltag 30.08.1959 FC St. Pauli - ASV Bergedorf 0:0
4. Spieltag 06.09.1959 1. FC Phönix Lübeck - FC St. Pauli 1:6
5. Spieltag 13.09.1959 Eintracht Braunschweig - FC St. Pauli 1:0
6. Spieltag 20.09.1959 FC St. Pauli - VfR Neumünster 1:0
7. Spieltag 27.09.1959 Concordia Hamburg - FC St. Pauli 1:4
8. Spieltag 11.10.1959 FC St. Pauli - Werder Bremen 4:4
9. Spieltag 18.10.1959 Hannover 96 - FC St. Pauli 3:1
10. Spieltag 25.10.1959 FC St. Pauli - Holstein Kiel 1:1
11. Spieltag 01.11.1959 VfV Hildesheim - FC St. Pauli 1:0
12. Spieltag 15.11.1959 FC St. Pauli - VfL Osnabrück 3:0
13. Spieltag 22.11.1959 Hamburger SV - FC St. Pauli 2:1
14. Spieltag 29.11.1959 FC St. Pauli - Altona 93 2:0
15. Spieltag 06.12.1959 TuS Bremerhaven 93 - FC St. Pauli 2:2
16. Spieltag 03.01.1960 FC St. Pauli - VfV Hildesheim 3:1
17. Spieltag 10.01.1960 ASV Bergedorf - FC St. Pauli 3:3
18. Spieltag 17.01.1960 FC St. Pauli - 1. FC Phönix Lübeck 1:0
19. Spieltag 24.01.1960 Holstein Kiel - FC St. Pauli 1:1
20. Spieltag 31.01.1960 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 1:0
21. Spieltag 07.02.1960 VfB Lübeck - FC St. Pauli 1:1
22. Spieltag 14.02.1960 FC St. Pauli - Hamburger SV 4:1
23. Spieltag 21.02.1960 VfL Osnabrück - FC St. Pauli 2:1
24. Spieltag 28.02.1960 Altona 93 - FC St. Pauli 3:4
25. Spieltag 06.03.1960 FC St. Pauli - TuS Bremerhaven 93 1:1
26. Spieltag 13.03.1960 FC St. Pauli - Hannover 96 0:3
28. Spieltag 03.04.1960 FC St. Pauli - Concordia Hamburg 2:1
29. Spieltag 10.04.1960 VfR Neumünster - FC St. Pauli 3:1
30. Spieltag 24.04.1960 FC St. Pauli - Eintracht Osnabrück 2:0