1. Spieltag 28.07.2000 Wacker Burghausen - VfR Aalen 1:1
2. Spieltag 05.08.2000 SV Wehen-Taunusstein - Wacker Burghausen 2:1 gelbe Karte
3. Spieltag 12.08.2000 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 2:1
4. Spieltag 20.08.2000 Sportfreunde Siegen - Wacker Burghausen 3:2 Tor
5. Spieltag 26.08.2000 Wacker Burghausen - TSV 1860 München II 4:2 Tor
6. Spieltag 02.09.2000 Karlsruher SC - Wacker Burghausen 3:0
7. Spieltag 08.09.2000 Wacker Burghausen - SV 07 Elversberg 0:0
8. Spieltag 19.09.2000 SV Darmstadt 98 - Wacker Burghausen 5:1
9. Spieltag 22.09.2000 SC Pfullendorf - Wacker Burghausen 2:0
10. Spieltag 30.09.2000 Wacker Burghausen - Jahn Regensburg 2:1 gelbe Karte
11. Spieltag 06.10.2000 Eintracht Trier - Wacker Burghausen 3:0
12. Spieltag 14.10.2000 Wacker Burghausen - Rot-Weiß Erfurt 1:1
13. Spieltag 22.10.2000 Bayern München II - Wacker Burghausen 3:1
14. Spieltag 27.10.2000 Wacker Burghausen - VfR Mannheim 4:3
15. Spieltag 05.11.2000 VfB Stuttgart II - Wacker Burghausen 2:2
16. Spieltag 11.11.2000 Wacker Burghausen - Kickers Offenbach 5:0
17. Spieltag 18.11.2000 1. FC Schweinfurt 05 - Wacker Burghausen 3:1
18. Spieltag 25.11.2000 VfR Aalen - Wacker Burghausen 1:1
19. Spieltag 02.12.2000 Wacker Burghausen - SV Wehen-Taunusstein 1:2 Tor
20. Spieltag 09.12.2000 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 1:2
21. Spieltag 24.02.2001 Wacker Burghausen - Sportfreunde Siegen 0:0
22. Spieltag 03.03.2001 TSV 1860 München II - Wacker Burghausen 1:1
23. Spieltag 10.03.2001 Wacker Burghausen - Karlsruher SC 1:0
27. Spieltag 12.04.2001 Jahn Regensburg - Wacker Burghausen 1:1
28. Spieltag 21.04.2001 Wacker Burghausen - Eintracht Trier 0:1
29. Spieltag 28.04.2001 Rot-Weiß Erfurt - Wacker Burghausen 0:1