4. Spieltag 20.08.2006 Hamburger SV II - VfB Lübeck 1:0
5. Spieltag 26.08.2006 Werder Bremen II - Hamburger SV II 3:1
7. Spieltag 09.09.2006 1. FC Union Berlin - Hamburger SV II 0:1
8. Spieltag 16.09.2006 Hamburger SV II - SV Wilhelmshaven 3:1
9. Spieltag 23.09.2006 Bayer Leverkusen II - Hamburger SV II 2:1
10. Spieltag 30.09.2006 Hamburger SV II - Kickers Emden 1:0
11. Spieltag 15.10.2006 FC St. Pauli - Hamburger SV II 0:0
13. Spieltag 29.10.2006 Hamburger SV II - Holstein Kiel 0:0
14. Spieltag 04.11.2006 Bor. Mönchengladbach II - Hamburger SV II 1:1 gelbe Karte
15. Spieltag 08.11.2006 Hamburger SV II - Rot Weiss Ahlen 3:4
16. Spieltag 11.11.2006 VfL Osnabrück - Hamburger SV II 5:1
17. Spieltag 19.11.2006 Hamburger SV II - Fortuna Düsseldorf 1:1
18. Spieltag 25.11.2006 Rot-Weiß Erfurt - Hamburger SV II 0:3
19. Spieltag 01.12.2006 Hamburger SV II - Dynamo Dresden 1:0
21. Spieltag 10.02.2007 Wuppertaler SV - Hamburger SV II 0:3
22. Spieltag 18.02.2007 Hamburger SV II - Borussia Dortmund II 2:0
27. Spieltag 23.03.2007 SV Wilhelmshaven - Hamburger SV II 3:3
28. Spieltag 27.03.2007 Hamburger SV II - Bayer Leverkusen II 4:1
29. Spieltag 31.03.2007 Kickers Emden - Hamburger SV II 2:0
32. Spieltag 21.04.2007 Holstein Kiel - Hamburger SV II 1:0
33. Spieltag 28.04.2007 Hamburger SV II - Bor. Mönchengladbach II 1:2
34. Spieltag 04.05.2007 Rot Weiss Ahlen - Hamburger SV II 1:2
35. Spieltag 10.05.2007 Hamburger SV II - VfL Osnabrück 4:2
36. Spieltag 19.05.2007 Fortuna Düsseldorf - Hamburger SV II 3:2
37. Spieltag 26.05.2007 Hamburger SV II - Rot-Weiß Erfurt 0:0
38. Spieltag 02.06.2007 Dynamo Dresden - Hamburger SV II 2:4