1. Spieltag 01.08.2003 Werder Bremen II - Holstein Kiel 2:1
2. Spieltag 09.08.2003 Rot-Weiss Essen - Werder Bremen II 1:1
3. Spieltag 16.08.2003 Werder Bremen II - Chemnitzer FC 0:0
4. Spieltag 22.08.2003 SC Paderborn 07 - Werder Bremen II 1:1
5. Spieltag 29.08.2003 Werder Bremen II - FC Schalke 04 II 3:1
7. Spieltag 13.09.2003 Werder Bremen II - Sachsen Leipzig 2:1
8. Spieltag 18.09.2003 1. FC Köln II - Werder Bremen II 2:0
9. Spieltag 27.09.2003 Preußen Münster - Werder Bremen II 0:2
10. Spieltag 04.10.2003 Werder Bremen II - VfR Neumünster 2:1 gelbe Karte
11. Spieltag 11.10.2003 KFC Uerdingen 05 - Werder Bremen II 1:1 gelb-rote Karte
13. Spieltag 24.10.2003 SG Wattenscheid 09 - Werder Bremen II 1:6
15. Spieltag 08.11.2003 Dynamo Dresden - Werder Bremen II 2:0
16. Spieltag 15.11.2003 Werder Bremen II - Wuppertaler SV 0:1
17. Spieltag 22.11.2003 Hamburger SV II - Werder Bremen II 1:2
18. Spieltag 28.11.2003 Holstein Kiel - Werder Bremen II 1:3
20. Spieltag 29.02.2004 Chemnitzer FC - Werder Bremen II 2:1
21. Spieltag 07.03.2004 Werder Bremen II - SC Paderborn 07 3:3
22. Spieltag 12.03.2004 FC Schalke 04 II - Werder Bremen II 0:0 gelbe Karte
23. Spieltag 21.03.2004 Werder Bremen II - Borussia Dortmund II 2:1
24. Spieltag 26.03.2004 Sachsen Leipzig - Werder Bremen II 1:2
25. Spieltag 05.04.2004 Werder Bremen II - 1. FC Köln II 1:1 gelbe Karte
26. Spieltag 10.04.2004 Werder Bremen II - Preußen Münster 4:3 gelbe Karte
27. Spieltag 17.04.2004 VfR Neumünster - Werder Bremen II 1:4
28. Spieltag 24.04.2004 Werder Bremen II - KFC Uerdingen 05 0:1
29. Spieltag 30.04.2004 Eintracht Braunschweig - Werder Bremen II 2:1
30. Spieltag 07.05.2004 Werder Bremen II - SG Wattenscheid 09 4:2
31. Spieltag 15.05.2004 FC St. Pauli - Werder Bremen II 1:0
32. Spieltag 21.05.2004 Werder Bremen II - Dynamo Dresden 0:4 gelbe Karte
33. Spieltag 30.05.2004 Wuppertaler SV - Werder Bremen II 1:0
34. Spieltag 05.06.2004 Werder Bremen II - Hamburger SV II 0:2