1. Spieltag 29.07.2005 Werder Bremen II - FC St. Pauli 0:1
2. Spieltag 03.08.2005 FC St. Pauli - Rot-Weiß Erfurt 1:0
3. Spieltag 06.08.2005 Kickers Emden - FC St. Pauli 0:4
4. Spieltag 13.08.2005 FC St. Pauli - VfB Lübeck 1:1
5. Spieltag 23.08.2005 Fortuna Düsseldorf - FC St. Pauli 2:0 gelbe Karte
6. Spieltag 26.08.2005 FC St. Pauli - Rot-Weiß Oberhausen 3:1
7. Spieltag 03.09.2005 Wuppertaler SV - FC St. Pauli 1:1
8. Spieltag 10.09.2005 FC St. Pauli - Bayer Leverkusen II 1:0
9. Spieltag 17.09.2005 Hertha BSC II - FC St. Pauli 0:0
10. Spieltag 20.09.2005 FC St. Pauli - Preußen Münster 1:0
11. Spieltag 24.09.2005 Chemnitzer FC - FC St. Pauli 0:0
12. Spieltag 01.10.2005 FC St. Pauli - FC Carl Zeiss Jena 1:2
13. Spieltag 15.10.2005 Holstein Kiel - FC St. Pauli 4:1
14. Spieltag 22.10.2005 FC St. Pauli - VfL Osnabrück 2:1
15. Spieltag 29.10.2005 SG Wattenscheid 09 - FC St. Pauli 0:1
16. Spieltag 05.11.2005 FC St. Pauli - Rot-Weiss Essen 3:0
17. Spieltag 12.11.2005 1. FC Köln II - FC St. Pauli 1:2
19. Spieltag 26.11.2005 Hamburger SV II - FC St. Pauli 0:4
20. Spieltag 02.12.2005 FC St. Pauli - Werder Bremen II 4:2
21. Spieltag 10.12.2005 Rot-Weiß Erfurt - FC St. Pauli 2:1
22. Spieltag 03.02.2006 FC St. Pauli - Kickers Emden 4:2
24. Spieltag 18.02.2006 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 1:1 gelbe Karte
25. Spieltag 25.02.2006 Rot-Weiß Oberhausen - FC St. Pauli 0:0
27. Spieltag 11.03.2006 Bayer Leverkusen II - FC St. Pauli 2:1
23. Spieltag 21.03.2006 VfB Lübeck - FC St. Pauli 2:1
29. Spieltag 25.03.2006 Preußen Münster - FC St. Pauli 1:2
26. Spieltag 28.03.2006 FC St. Pauli - Wuppertaler SV 0:0
30. Spieltag 01.04.2006 FC St. Pauli - Chemnitzer FC 3:2
31. Spieltag 08.04.2006 FC Carl Zeiss Jena - FC St. Pauli 1:0
32. Spieltag 15.04.2006 FC St. Pauli - Holstein Kiel 2:2