1. Spieltag 23.07.2011 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 3:0 gelbe Karte
2. Spieltag 02.08.2011 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 1:0
3. Spieltag 05.08.2011 1. FC Saarbrücken - FC Carl Zeiss Jena 2:1
4. Spieltag 13.08.2011 FC Carl Zeiss Jena - Preußen Münster 1:3
5. Spieltag 16.08.2011 1. FC Heidenheim 1846 - FC Carl Zeiss Jena 0:0
6. Spieltag 20.08.2011 FC Carl Zeiss Jena - Kickers Offenbach 1:2
7. Spieltag 27.08.2011 SpVgg Unterhaching - FC Carl Zeiss Jena 6:0 gelbe Karte
8. Spieltag 11.09.2011 FC Carl Zeiss Jena - Chemnitzer FC 1:2
9. Spieltag 14.09.2011 Rot-Weiß Oberhausen - FC Carl Zeiss Jena 1:2
10. Spieltag 17.09.2011 FC Carl Zeiss Jena - SV Sandhausen 1:1
12. Spieltag 30.09.2011 Werder Bremen II - FC Carl Zeiss Jena 2:2 gelb-rote Karte
13. Spieltag 14.10.2011 FC Carl Zeiss Jena - VfB Stuttgart II 1:2
14. Spieltag 22.10.2011 VfL Osnabrück - FC Carl Zeiss Jena 2:2
15. Spieltag 29.10.2011 FC Carl Zeiss Jena - VfR Aalen 2:3
16. Spieltag 04.11.2011 SV Darmstadt 98 - FC Carl Zeiss Jena 3:0
17. Spieltag 19.11.2011 FC Carl Zeiss Jena - Arminia Bielefeld 4:3 TorTor
18. Spieltag 26.11.2011 SV Wehen Wiesbaden - FC Carl Zeiss Jena 0:0
19. Spieltag 03.12.2011 FC Carl Zeiss Jena - Jahn Regensburg 0:1
20. Spieltag 10.12.2011 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 4:2
21. Spieltag 17.12.2011 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiß Erfurt 1:0 gelbe Karte
22. Spieltag 21.01.2012 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Saarbrücken 1:1
26. Spieltag 22.02.2012 FC Carl Zeiss Jena - SpVgg Unterhaching 2:0
27. Spieltag 25.02.2012 Chemnitzer FC - FC Carl Zeiss Jena 1:1
28. Spieltag 03.03.2012 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiß Oberhausen 0:0 gelbe Karte
29. Spieltag 10.03.2012 SV Sandhausen - FC Carl Zeiss Jena 1:0