1. Spieltag 30.07.1999 Wacker Burghausen - TSF Ditzingen 1:0
2. Spieltag 08.08.1999 Bayern München II - Wacker Burghausen 1:1
3. Spieltag 14.08.1999 Wacker Burghausen - SSV Reutlingen 0:1
4. Spieltag 22.08.1999 VfB Stuttgart II - Wacker Burghausen 1:0
5. Spieltag 27.08.1999 Wacker Burghausen - FSV Frankfurt 1:0 gelb-rote Karte
6. Spieltag 31.08.1999 Quelle Fürth - Wacker Burghausen 2:2
7. Spieltag 04.09.1999 Wacker Burghausen - SC Pfullendorf 1:2
8. Spieltag 11.09.1999 SV Darmstadt 98 - Wacker Burghausen 2:2
9. Spieltag 19.09.1999 VfR Mannheim - Wacker Burghausen 2:1
10. Spieltag 24.09.1999 Wacker Burghausen - Karlsruher SC II 1:4
11. Spieltag 03.10.1999 TSV 1860 München II - Wacker Burghausen 3:3
12. Spieltag 07.10.1999 Wacker Burghausen - FC Augsburg 1:1
13. Spieltag 16.10.1999 Borussia Fulda - Wacker Burghausen 0:1
14. Spieltag 23.10.1999 Wacker Burghausen - 1. FC Schweinfurt 05 2:0
15. Spieltag 30.10.1999 VfR Aalen - Wacker Burghausen 2:4
16. Spieltag 05.11.1999 Wacker Burghausen - SV Wehen-Taunusstein 1:1
17. Spieltag 13.11.1999 SV Lohhof - Wacker Burghausen 0:2
18. Spieltag 21.11.1999 TSF Ditzingen - Wacker Burghausen 0:0
20. Spieltag 04.12.1999 SSV Reutlingen - Wacker Burghausen 5:1
23. Spieltag 21.03.2000 Wacker Burghausen - Quelle Fürth 2:0
24. Spieltag 24.03.2000 SC Pfullendorf - Wacker Burghausen 0:2
25. Spieltag 02.04.2000 Wacker Burghausen - SV Darmstadt 98 2:3
26. Spieltag 08.04.2000 Wacker Burghausen - VfR Mannheim 5:0
27. Spieltag 15.04.2000 Karlsruher SC II - Wacker Burghausen 1:1
28. Spieltag 20.04.2000 Wacker Burghausen - TSV 1860 München II 2:1
29. Spieltag 29.04.2000 FC Augsburg - Wacker Burghausen 2:2
30. Spieltag 05.05.2000 Wacker Burghausen - Borussia Fulda 3:2
31. Spieltag 13.05.2000 1. FC Schweinfurt 05 - Wacker Burghausen 0:1
32. Spieltag 16.05.2000 Wacker Burghausen - VfR Aalen 2:0
33. Spieltag 21.05.2000 SV Wehen-Taunusstein - Wacker Burghausen 3:1