| 19. Spieltag | 01.03.2000 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 05.03.2000 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 4:3 |  |
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| 22. Spieltag | 12.03.2000 | Bayern München II | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 23. Spieltag | 17.03.2000 | Borussia Fulda | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 25.03.2000 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:0 | ||||
| 26. Spieltag | 12.04.2000 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 5:0 | |
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| 27. Spieltag | 16.04.2000 | SV Lohhof | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 25. Spieltag | 20.04.2000 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 28.04.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 3:3 | |
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| 30. Spieltag | 06.05.2000 | SSV Reutlingen | - | Bayern München II | 3:1 | |
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| 31. Spieltag | 14.05.2000 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 1:6 | |
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| 32. Spieltag | 17.05.2000 | FSV Frankfurt | - | Bayern München II | 2:3 | |
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| 33. Spieltag | 21.05.2000 | Bayern München II | - | Quelle Fürth | 3:0 | |
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| 34. Spieltag | 27.05.2000 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 | |
Deutschland
Italien 
