1. Spieltag 31.07.1999 FC Augsburg - VfR Aalen 2:0
2. Spieltag 08.08.1999 SV Wehen-Taunusstein - FC Augsburg 0:2
3. Spieltag 14.08.1999 FC Augsburg - SV Lohhof 2:0
4. Spieltag 22.08.1999 TSF Ditzingen - FC Augsburg 1:3
5. Spieltag 28.08.1999 FC Augsburg - Bayern München II 0:2
6. Spieltag 31.08.1999 SSV Reutlingen - FC Augsburg 2:1
7. Spieltag 04.09.1999 FC Augsburg - VfB Stuttgart II 2:2
8. Spieltag 11.09.1999 FSV Frankfurt - FC Augsburg 3:0
9. Spieltag 18.09.1999 FC Augsburg - Quelle Fürth 4:1
10. Spieltag 25.09.1999 SC Pfullendorf - FC Augsburg 3:0
11. Spieltag 01.10.1999 FC Augsburg - SV Darmstadt 98 2:2
12. Spieltag 07.10.1999 Wacker Burghausen - FC Augsburg 1:1
13. Spieltag 16.10.1999 FC Augsburg - Karlsruher SC II 1:1
15. Spieltag 30.10.1999 FC Augsburg - VfR Mannheim 0:1
16. Spieltag 06.11.1999 FC Augsburg - Borussia Fulda 2:1
17. Spieltag 13.11.1999 1. FC Schweinfurt 05 - FC Augsburg 2:0
18. Spieltag 19.11.1999 VfR Aalen - FC Augsburg 0:0
19. Spieltag 30.11.1999 FC Augsburg - SV Wehen-Taunusstein 0:2
20. Spieltag 04.12.1999 SV Lohhof - FC Augsburg 0:1
21. Spieltag 04.03.2000 FC Augsburg - TSF Ditzingen 3:0
22. Spieltag 12.03.2000 Bayern München II - FC Augsburg 3:0
23. Spieltag 22.03.2000 FC Augsburg - SSV Reutlingen 1:0
24. Spieltag 26.03.2000 VfB Stuttgart II - FC Augsburg 0:0
25. Spieltag 01.04.2000 FC Augsburg - FSV Frankfurt 4:2
26. Spieltag 08.04.2000 Quelle Fürth - FC Augsburg 2:1
27. Spieltag 15.04.2000 FC Augsburg - SC Pfullendorf 2:3
28. Spieltag 20.04.2000 SV Darmstadt 98 - FC Augsburg 0:3
29. Spieltag 29.04.2000 FC Augsburg - Wacker Burghausen 2:2
30. Spieltag 06.05.2000 Karlsruher SC II - FC Augsburg 1:1
31. Spieltag 12.05.2000 FC Augsburg - TSV 1860 München II 0:0
32. Spieltag 17.05.2000 VfR Mannheim - FC Augsburg 0:1
33. Spieltag 21.05.2000 Borussia Fulda - FC Augsburg 0:0