| 16. Spieltag | 08.12.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 15.12.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Augsburg | 0:2 |  |
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| 21. Spieltag | 11.02.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiss Essen | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 18.02.2007 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 25. Spieltag | 11.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Karlsruher SC | 1:3 | ||||
| 26. Spieltag | 16.03.2007 | TuS Koblenz | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | |
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| 27. Spieltag | 30.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 16.04.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 22.04.2007 | SC Freiburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | |
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| 31. Spieltag | 27.04.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | MSV Duisburg | 3:3 | ||||
| 32. Spieltag | 06.05.2007 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2007 | FC Augsburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | |
Deutschland