| 24. Spieltag | 12.03.2017 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 |  |
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| 27. Spieltag | 05.04.2017 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 08.04.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | VfL Bochum | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 16.04.2017 | Karlsruher SC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 22.04.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Arminia Bielefeld | 2:2 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:0 | ||||
| 32. Spieltag | 05.05.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Hannover 96 | 0:2 | ||||
| 33. Spieltag | 14.05.2017 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | TSV 1860 München | 2:1 |
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