3. Spieltag 06.08.2005 VfB Lübeck - 1. FC Köln II 4:1
4. Spieltag 13.08.2005 1. FC Köln II - Fortuna Düsseldorf 2:1
5. Spieltag 23.08.2005 Rot-Weiß Oberhausen - 1. FC Köln II 2:2
6. Spieltag 29.08.2005 1. FC Köln II - Wuppertaler SV 1:2
7. Spieltag 03.09.2005 Bayer Leverkusen II - 1. FC Köln II 4:1
9. Spieltag 16.09.2005 Preußen Münster - 1. FC Köln II 0:2
10. Spieltag 21.09.2005 1. FC Köln II - Chemnitzer FC 1:1
11. Spieltag 24.09.2005 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Köln II 2:1
12. Spieltag 01.10.2005 1. FC Köln II - Holstein Kiel 0:2
13. Spieltag 14.10.2005 VfL Osnabrück - 1. FC Köln II 2:0
14. Spieltag 23.10.2005 1. FC Köln II - SG Wattenscheid 09 1:1
15. Spieltag 29.10.2005 Rot-Weiss Essen - 1. FC Köln II 3:1
17. Spieltag 12.11.2005 1. FC Köln II - FC St. Pauli 1:2
18. Spieltag 19.11.2005 Hamburger SV II - 1. FC Köln II 0:1
19. Spieltag 27.11.2005 1. FC Köln II - Werder Bremen II 1:0 gelbe Karte
20. Spieltag 03.12.2005 1. FC Köln II - Rot-Weiß Erfurt 1:1
21. Spieltag 10.12.2005 Kickers Emden - 1. FC Köln II 3:0 gelbe Karte
23. Spieltag 11.02.2006 Fortuna Düsseldorf - 1. FC Köln II 2:0
24. Spieltag 18.02.2006 1. FC Köln II - Rot-Weiß Oberhausen 0:1
25. Spieltag 25.02.2006 Wuppertaler SV - 1. FC Köln II 2:0
22. Spieltag 14.03.2006 1. FC Köln II - VfB Lübeck 1:3
28. Spieltag 18.03.2006 1. FC Köln II - Preußen Münster 0:2
29. Spieltag 25.03.2006 Chemnitzer FC - 1. FC Köln II 0:3
26. Spieltag 29.03.2006 1. FC Köln II - Bayer Leverkusen II 5:0
30. Spieltag 01.04.2006 1. FC Köln II - FC Carl Zeiss Jena 1:1
31. Spieltag 08.04.2006 Holstein Kiel - 1. FC Köln II 5:1
27. Spieltag 11.04.2006 Hertha BSC II - 1. FC Köln II 3:1
32. Spieltag 15.04.2006 1. FC Köln II - VfL Osnabrück 0:0
33. Spieltag 22.04.2006 SG Wattenscheid 09 - 1. FC Köln II 4:2
34. Spieltag 29.04.2006 1. FC Köln II - Rot-Weiss Essen 1:1
36. Spieltag 12.05.2006 FC St. Pauli - 1. FC Köln II 3:1
37. Spieltag 20.05.2006 1. FC Köln II - Hamburger SV II 0:3