| 15. Spieltag | 20.11.1998 | Fortuna Köln | - | Energie Cottbus | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 04.12.1998 | Fortuna Köln | - | FC Gütersloh | 3:2 | ||||
| 18. Spieltag | 11.12.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 20.12.1998 | Fortuna Köln | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.1999 | Stuttgarter Kickers | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 07.03.1999 | Fortuna Köln | - | TeBe Berlin | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.1999 | SpVgg Greuther Fürth | - | Fortuna Köln | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 21.03.1999 | Fortuna Köln | - | SG Wattenscheid 09 | 1:2 |  |
|||
| 24. Spieltag | 05.04.1999 | Karlsruher SC | - | Fortuna Köln | 4:2 | ||||
| 25. Spieltag | 11.04.1999 | Fortuna Köln | - | Arminia Bielefeld | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 19.04.1999 | 1. FC Köln | - | Fortuna Köln | 0:3 |  |
|||
| 31. Spieltag | 23.05.1999 | Fortuna Köln | - | FC St. Pauli | 1:1 | |
|||
| 32. Spieltag | 30.05.1999 | Energie Cottbus | - | Fortuna Köln | 2:0 | |
|||
| 33. Spieltag | 13.06.1999 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 17.06.1999 | FC Gütersloh | - | Fortuna Köln | 2:1 | |
Deutschland