| 7. Spieltag | 26.09.2016 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 01.10.2016 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 31.10.2016 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:1 |  |
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| 12. Spieltag | 07.11.2016 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 05.02.2017 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 19.02.2017 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:1 |
Deutschland