1. Spieltag 28.07.2000 SV 07 Elversberg - FC Carl Zeiss Jena 1:0
2. Spieltag 05.08.2000 FC Carl Zeiss Jena - SV Darmstadt 98 3:2 gelbe Karte
3. Spieltag 12.08.2000 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 2:1
4. Spieltag 16.08.2000 FC Carl Zeiss Jena - Jahn Regensburg 2:0 rote Karte
12. Spieltag 14.10.2000 FC Carl Zeiss Jena - VfR Aalen 1:3
13. Spieltag 21.10.2000 SV Wehen-Taunusstein - FC Carl Zeiss Jena 3:2 Tor
14. Spieltag 27.10.2000 FC Carl Zeiss Jena - SC Pfullendorf 1:0
15. Spieltag 04.11.2000 Sportfreunde Siegen - FC Carl Zeiss Jena 1:2
16. Spieltag 12.11.2000 TSV 1860 München II - FC Carl Zeiss Jena 4:0 gelbe Karte
17. Spieltag 18.11.2000 FC Carl Zeiss Jena - Karlsruher SC 0:1
18. Spieltag 25.11.2000 FC Carl Zeiss Jena - SV 07 Elversberg 5:0 TorTor
19. Spieltag 03.12.2000 SV Darmstadt 98 - FC Carl Zeiss Jena 3:1
20. Spieltag 09.12.2000 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 1:2 gelbe Karte
21. Spieltag 24.02.2001 Jahn Regensburg - FC Carl Zeiss Jena 2:2
22. Spieltag 03.03.2001 FC Carl Zeiss Jena - Eintracht Trier 0:1
23. Spieltag 10.03.2001 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 0:0 gelbe Karte
24. Spieltag 17.03.2001 FC Carl Zeiss Jena - Bayern München II 1:1
25. Spieltag 30.03.2001 VfR Mannheim - FC Carl Zeiss Jena 2:0
26. Spieltag 07.04.2001 FC Carl Zeiss Jena - VfB Stuttgart II 1:2 Tor gelbe Karte
27. Spieltag 14.04.2001 Kickers Offenbach - FC Carl Zeiss Jena 4:1 Tor
28. Spieltag 21.04.2001 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Schweinfurt 05 3:1 Tor gelbe Karte
29. Spieltag 28.04.2001 VfR Aalen - FC Carl Zeiss Jena 1:1 Tor
31. Spieltag 11.05.2001 SC Pfullendorf - FC Carl Zeiss Jena 2:1
32. Spieltag 18.05.2001 FC Carl Zeiss Jena - Sportfreunde Siegen 1:3
33. Spieltag 23.05.2001 FC Carl Zeiss Jena - TSV 1860 München II 1:2
34. Spieltag 26.05.2001 Karlsruher SC - FC Carl Zeiss Jena 1:3