1. Spieltag 23.07.2011 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 3:0
2. Spieltag 02.08.2011 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 1:0 gelbe Karte
3. Spieltag 05.08.2011 1. FC Saarbrücken - FC Carl Zeiss Jena 2:1 gelbe Karte
4. Spieltag 13.08.2011 FC Carl Zeiss Jena - Preußen Münster 1:3
5. Spieltag 16.08.2011 1. FC Heidenheim 1846 - FC Carl Zeiss Jena 0:0 gelb-rote Karte
7. Spieltag 27.08.2011 SpVgg Unterhaching - FC Carl Zeiss Jena 6:0
8. Spieltag 11.09.2011 FC Carl Zeiss Jena - Chemnitzer FC 1:2
9. Spieltag 14.09.2011 Rot-Weiß Oberhausen - FC Carl Zeiss Jena 1:2
10. Spieltag 17.09.2011 FC Carl Zeiss Jena - SV Sandhausen 1:1 Tor gelbe Karte
12. Spieltag 30.09.2011 Werder Bremen II - FC Carl Zeiss Jena 2:2
11. Spieltag 08.10.2011 FC Carl Zeiss Jena - SV Babelsberg 03 1:2
13. Spieltag 14.10.2011 FC Carl Zeiss Jena - VfB Stuttgart II 1:2 gelbe Karte
14. Spieltag 22.10.2011 VfL Osnabrück - FC Carl Zeiss Jena 2:2
15. Spieltag 29.10.2011 FC Carl Zeiss Jena - VfR Aalen 2:3
16. Spieltag 04.11.2011 SV Darmstadt 98 - FC Carl Zeiss Jena 3:0
17. Spieltag 19.11.2011 FC Carl Zeiss Jena - Arminia Bielefeld 4:3 gelbe Karte
19. Spieltag 03.12.2011 FC Carl Zeiss Jena - Jahn Regensburg 0:1 gelbe Karte
20. Spieltag 10.12.2011 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 4:2 Tor gelb-rote Karte
22. Spieltag 21.01.2012 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Saarbrücken 1:1
24. Spieltag 28.02.2012 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Heidenheim 1846 0:0
28. Spieltag 03.03.2012 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiß Oberhausen 0:0
25. Spieltag 20.03.2012 Kickers Offenbach - FC Carl Zeiss Jena 1:1
23. Spieltag 27.03.2012 Preußen Münster - FC Carl Zeiss Jena 1:0
35. Spieltag 14.04.2012 FC Carl Zeiss Jena - SV Darmstadt 98 2:1
37. Spieltag 28.04.2012 FC Carl Zeiss Jena - SV Wehen Wiesbaden 1:0
38. Spieltag 05.05.2012 Jahn Regensburg - FC Carl Zeiss Jena 1:1