# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 8 6 2 0 22:5 17 20
2 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 8 6 2 0 18:6 12 20
3 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 9 6 2 1 20:10 10 20
4 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 9 5 2 2 17:8 9 17
5 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 10 5 2 3 15:11 4 17
6 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 8 4 2 2 11:9 2 14
7 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 9 4 1 4 15:16 -1 13
8 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 7 3 3 1 15:10 5 12
9 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 8 4 0 4 13:14 -1 12
10 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 10 3 2 5 8:11 -3 11
11 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 9 2 4 3 11:12 -1 10
12 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 8 2 3 3 10:14 -4 9
13 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 9 1 5 3 16:17 -1 8
14 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 8 2 2 4 13:16 -3 8
15 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 8 2 1 5 9:8 1 7
16 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 8 1 3 4 8:12 -4 6
17 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 8 1 2 5 8:18 -10 5
18 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 9 1 2 6 6:16 -10 5
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.