# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 19 12 3 4 22:7 15 39
2 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 19 9 6 4 19:11 8 33
3 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 19 8 8 3 13:5 8 32
4 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 19 8 6 5 11:8 3 30
5 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 19 8 5 6 17:16 1 29
6 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 19 6 10 3 9:5 4 28
7 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 19 7 5 7 14:12 2 26
8 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 19 6 6 7 10:13 -3 24
9 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 19 5 8 6 12:11 1 23
10 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 19 4 11 4 9:11 -2 23
11 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 19 4 11 4 11:14 -3 23
12 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 19 4 9 6 8:8 0 21
13 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 19 5 6 8 12:15 -3 21
14 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 19 5 6 8 11:14 -3 21
15 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 19 5 6 8 14:22 -8 21
16 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 19 6 3 10 12:20 -8 21
17 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 19 3 9 7 9:13 -4 18
18 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 19 3 8 8 9:17 -8 17
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.