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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 29 | 17 | 7 | 5 | 32:11 | 21 | 58 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 29 | 14 | 11 | 4 | 25:11 | 14 | 53 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 29 | 14 | 10 | 5 | 25:12 | 13 | 52 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 29 | 12 | 12 | 5 | 20:10 | 10 | 48 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 29 | 12 | 10 | 7 | 21:15 | 6 | 46 |
| 6 |
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FC Memmingen | 29 | 12 | 8 | 9 | 26:21 | 5 | 44 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 29 | 10 | 9 | 10 | 20:18 | 2 | 39 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 29 | 10 | 8 | 11 | 19:20 | -1 | 38 |
| 9 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 29 | 9 | 10 | 10 | 18:18 | 0 | 37 |
| 10 |
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FV Illertissen | 29 | 9 | 9 | 11 | 22:29 | -7 | 36 |
| 11 |
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VfR Garching | 29 | 7 | 14 | 8 | 17:22 | -5 | 35 |
| 12 |
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FC Augsburg II | 29 | 7 | 10 | 12 | 16:21 | -5 | 31 |
| 13 |
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SV Schalding-Heining | 29 | 5 | 16 | 8 | 12:19 | -7 | 31 |
| 14 |
|
FC Pipinsried | 29 | 8 | 7 | 14 | 17:29 | -12 | 31 |
| 15 |
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SV Heimstetten | 29 | 6 | 12 | 11 | 13:24 | -11 | 30 |
| 16 |
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TSV 1860 Rosenheim | 29 | 5 | 14 | 10 | 12:15 | -3 | 29 |
| 17 |
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Viktoria Aschaffenburg | 29 | 5 | 10 | 14 | 13:23 | -10 | 25 |
| 18 |
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TSV Buchbach | 29 | 4 | 13 | 12 | 11:21 | -10 | 25 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
