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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hallescher FC | 8 | 6 | 2 | 0 | 9:2 | 7 | 20 |
| 2 |
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Holstein Kiel | 8 | 5 | 2 | 1 | 16:7 | 9 | 17 |
| 3 |
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Hannover 96 II | 8 | 5 | 2 | 1 | 14:5 | 9 | 17 |
| 4 |
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1. FC Magdeburg | 8 | 5 | 2 | 1 | 10:6 | 4 | 17 |
| 5 |
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SV Babelsberg 03 | 8 | 4 | 4 | 0 | 9:3 | 6 | 16 |
| 6 |
|
SV Wilhelmshaven | 8 | 3 | 3 | 2 | 13:9 | 4 | 12 |
| 7 |
|
Chemnitzer FC | 8 | 3 | 1 | 4 | 15:10 | 5 | 10 |
| 8 |
|
Hamburger SV II | 8 | 3 | 1 | 4 | 10:9 | 1 | 10 |
| 9 |
|
FC Oberneuland | 8 | 3 | 1 | 4 | 8:10 | -2 | 10 |
| 10 |
|
VfL Wolfsburg II | 8 | 2 | 2 | 4 | 6:7 | -1 | 8 |
| 11 |
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Altona 93 | 9 | 2 | 2 | 5 | 13:17 | -4 | 8 |
| 12 |
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Hansa Rostock II | 7 | 2 | 1 | 4 | 16:13 | 3 | 7 |
| 13 |
|
VFC Plauen | 8 | 1 | 4 | 3 | 7:10 | -3 | 7 |
| 14 |
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Sachsen Leipzig | 8 | 1 | 3 | 4 | 5:9 | -4 | 6 |
| 15 |
|
VfB Lübeck | 8 | 0 | 5 | 3 | 3:8 | -5 | 5 |
| 16 |
|
Türkiyemspor Berlin | 8 | 1 | 1 | 6 | 5:15 | -10 | 4 |
| 17 |
|
Energie Cottbus II | 8 | 0 | 2 | 6 | 6:16 | -10 | 2 |
| 18 |
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Hertha BSC II | 8 | 0 | 2 | 6 | 6:21 | -15 | 2 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
