# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 16 10 4 2 25:13 12 34
2 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 16 10 3 3 23:11 12 33
3 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 16 9 6 1 19:7 12 33
4 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 16 8 8 0 17:8 9 32
5 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 16 7 6 3 25:18 7 27
6 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 16 7 3 6 23:19 4 24
7 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 16 7 2 7 30:26 4 23
8 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 16 6 4 6 20:15 5 22
9 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 16 5 6 5 22:22 0 21
10 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 16 6 3 7 17:18 -1 21
11 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 16 5 5 6 24:19 5 20
12 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 16 4 7 5 17:16 1 19
13 Altona 93, Deutschland Altona 93 16 5 4 7 23:27 -4 19
14 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 16 4 5 7 17:20 -3 17
15 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 16 5 2 9 14:24 -10 17
16 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 16 3 4 9 14:31 -17 13
17 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 16 2 5 9 8:22 -14 11
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 16 1 3 12 10:32 -22 6
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.