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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hallescher FC | 12 | 9 | 3 | 0 | 15:2 | 13 | 30 |
| 2 |
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Holstein Kiel | 12 | 9 | 2 | 1 | 24:9 | 15 | 29 |
| 3 |
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Hannover 96 II | 12 | 7 | 2 | 3 | 20:9 | 11 | 23 |
| 4 |
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SV Babelsberg 03 | 12 | 5 | 7 | 0 | 13:6 | 7 | 22 |
| 5 |
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1. FC Magdeburg | 10 | 5 | 3 | 2 | 11:8 | 3 | 18 |
| 6 |
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Chemnitzer FC | 11 | 5 | 1 | 5 | 21:14 | 7 | 16 |
| 7 |
|
VfL Wolfsburg II | 11 | 3 | 4 | 4 | 14:11 | 3 | 13 |
| 8 |
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SV Wilhelmshaven | 10 | 3 | 3 | 4 | 13:15 | -2 | 12 |
| 9 |
|
FC Oberneuland | 11 | 3 | 3 | 5 | 8:11 | -3 | 12 |
| 10 |
|
Türkiyemspor Berlin | 11 | 3 | 2 | 6 | 12:18 | -6 | 11 |
| 11 |
|
Hansa Rostock II | 11 | 3 | 1 | 7 | 17:20 | -3 | 10 |
| 12 |
|
VFC Plauen | 11 | 2 | 4 | 5 | 10:13 | -3 | 10 |
| 13 |
|
Hamburger SV II | 12 | 3 | 1 | 8 | 13:17 | -4 | 10 |
| 14 |
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Sachsen Leipzig | 10 | 2 | 3 | 5 | 6:13 | -7 | 9 |
| 15 |
|
Altona 93 | 11 | 2 | 3 | 6 | 14:22 | -8 | 9 |
| 16 |
|
Hertha BSC II | 11 | 2 | 3 | 6 | 11:23 | -12 | 9 |
| 17 |
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VfB Lübeck | 10 | 0 | 7 | 3 | 3:8 | -5 | 7 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 10 | 0 | 3 | 7 | 8:19 | -11 | 3 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
