# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 12 8 3 1 19:6 13 27
2 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 14 8 3 3 22:12 10 27
3 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 13 7 5 1 18:9 9 26
4 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 13 7 3 3 22:18 4 24
5 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 13 7 3 3 16:13 3 24
6 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 12 5 7 0 12:6 6 22
7 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 14 6 4 4 18:17 1 22
8 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 13 6 2 5 22:14 8 20
9 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 13 5 5 3 19:14 5 20
10 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 13 5 3 5 16:15 1 18
11 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 13 5 3 5 25:27 -2 18
12 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 13 3 6 4 13:14 -1 15
13 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 12 3 5 4 13:12 1 14
14 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 13 4 2 7 11:17 -6 14
15 Altona 93, Deutschland Altona 93 13 4 2 7 13:22 -9 14
16 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 13 3 3 7 14:20 -6 12
17 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 14 2 4 8 7:21 -14 10
18 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 13 2 4 7 7:22 -15 10
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.