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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SV Babelsberg 03 | 13 | 8 | 3 | 2 | 19:8 | 11 | 27 |
| 2 |
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1. FC Magdeburg | 14 | 8 | 3 | 3 | 22:12 | 10 | 27 |
| 3 |
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Hertha BSC II | 14 | 8 | 3 | 3 | 19:15 | 4 | 27 |
| 4 |
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Holstein Kiel | 13 | 7 | 5 | 1 | 18:9 | 9 | 26 |
| 5 |
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Hansa Rostock II | 14 | 7 | 3 | 4 | 24:23 | 1 | 24 |
| 6 |
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VfL Wolfsburg II | 14 | 7 | 2 | 5 | 25:15 | 10 | 23 |
| 7 |
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VfB Lübeck | 14 | 6 | 5 | 3 | 20:14 | 6 | 23 |
| 8 |
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Hallescher FC | 13 | 5 | 7 | 1 | 12:8 | 4 | 22 |
| 9 |
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SV Wilhelmshaven | 14 | 6 | 4 | 4 | 18:17 | 1 | 22 |
| 10 |
|
VFC Plauen | 14 | 6 | 3 | 5 | 29:28 | 1 | 21 |
| 11 |
|
FC Oberneuland | 13 | 5 | 3 | 5 | 16:15 | 1 | 18 |
| 12 |
|
Hamburger SV II | 13 | 3 | 6 | 4 | 15:14 | 1 | 15 |
| 13 |
|
Chemnitzer FC | 13 | 3 | 6 | 4 | 13:14 | -1 | 15 |
| 14 |
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Türkiyemspor Berlin | 13 | 4 | 2 | 7 | 11:17 | -6 | 14 |
| 15 |
|
Altona 93 | 13 | 4 | 2 | 7 | 13:22 | -9 | 14 |
| 16 |
|
Sachsen Leipzig | 14 | 3 | 4 | 7 | 10:23 | -13 | 13 |
| 17 |
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Hannover 96 II | 13 | 3 | 3 | 7 | 14:20 | -6 | 12 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 14 | 2 | 4 | 8 | 7:21 | -14 | 10 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
