# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 2 2 0 0 4:1 3 6
2 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 2 2 0 0 3:0 3 6
3 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 2 1 1 0 4:1 3 4
4 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 2 1 1 0 3:2 1 4
5 Altona 93, Deutschland Altona 93 1 1 0 0 4:3 1 3
6 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 1 1 0 0 2:1 1 3
7 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 2 1 0 1 2:3 -1 3
  Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 2 1 0 1 2:3 -1 3
9 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 2 0 2 0 1:1 0 2
10 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 1 0 1 0 2:2 0 1
11 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 1 0 1 0 1:1 0 1
  SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 1 0 1 0 1:1 0 1
  Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 1 0 1 0 1:1 0 1
14 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 2 0 1 1 2:3 -1 1
15 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 1 0 0 1 0:1 -1 0
  VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 1 0 0 1 0:1 -1 0
17 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 1 0 0 1 0:2 -2 0
18 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 2 0 0 2 0:4 -4 0
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.