# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 4 3 1 0 5:1 4 10
2 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 4 3 0 1 9:4 5 9
3 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 4 2 2 0 8:3 5 8
4 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 4 2 2 0 4:2 2 8
5 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 4 2 1 1 6:2 4 7
6 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 4 2 1 1 4:3 1 7
7 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 4 1 3 0 6:4 2 6
8 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 4 2 0 2 4:5 -1 6
9 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 4 2 0 2 4:6 -2 6
10 Altona 93, Deutschland Altona 93 4 2 0 2 8:11 -3 6
11 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 4 1 2 1 3:3 0 5
12 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 4 1 2 1 4:6 -2 5
13 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 4 1 1 2 5:7 -2 4
14 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 4 1 1 2 4:9 -5 4
15 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 4 1 0 3 5:4 1 3
16 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 4 1 0 3 3:5 -2 3
17 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 4 0 1 3 5:8 -3 1
18 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 4 0 1 3 2:6 -4 1
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.