# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Frankfurt II, Deutschland Eintracht Frankfurt II 22 12 6 4 38:19 19 42
2 Hessen Kassel, Deutschland Hessen Kassel 22 12 5 5 43:23 20 41
3 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 22 12 5 5 35:25 10 41
4 SSV Ulm 1846, Deutschland SSV Ulm 1846 22 10 10 2 36:18 18 40
5 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 22 11 6 5 45:24 21 39
6 SC Pfullendorf, Deutschland SC Pfullendorf 22 11 5 6 34:27 7 38
7 Waldhof Mannheim, Deutschland Waldhof Mannheim 22 11 3 8 35:25 10 36
8 SV Wehen Wiesbaden II, Deutschland SV Wehen Wiesbaden II 22 11 3 8 28:21 7 36
9 TSV 1860 München II, Deutschland TSV 1860 München II 22 9 5 8 35:30 5 32
10 1. FC Eintracht Bamberg, Deutschland 1. FC Eintracht Bamberg 22 9 5 8 38:40 -2 32
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 22 7 7 8 24:23 1 28
12 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 22 6 7 9 28:32 -4 25
13 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 22 5 10 7 23:27 -4 25
14 Karlsruher SC II, Deutschland Karlsruher SC II 22 6 4 12 23:37 -14 22
15 SSV Reutlingen, Deutschland SSV Reutlingen 22 5 6 11 24:42 -18 21
16 SC Freiburg II, Deutschland SC Freiburg II 22 5 4 13 22:43 -21 19
17 TSV Großbardorf, Deutschland TSV Großbardorf 22 3 5 14 23:53 -30 14
18 SpVgg Unterhaching II, Deutschland SpVgg Unterhaching II 22 3 4 15 25:50 -25 13
  Aufstieg
  Abstieg

# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet.

# Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest.