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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 12 | 7 | 2 | 3 | 17:13 | 4 | 23 |
| 2 |
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Waldhof Mannheim | 12 | 7 | 0 | 5 | 22:11 | 11 | 21 |
| 3 |
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Eintracht Frankfurt II | 12 | 6 | 3 | 3 | 19:12 | 7 | 21 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 11 | 5 | 4 | 2 | 18:11 | 7 | 19 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 11 | 6 | 1 | 4 | 16:10 | 6 | 19 |
| 6 |
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Hessen Kassel | 12 | 5 | 4 | 3 | 20:15 | 5 | 19 |
| 7 |
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SV Darmstadt 98 | 12 | 5 | 2 | 5 | 16:13 | 3 | 17 |
| 8 |
|
SSV Ulm 1846 | 11 | 3 | 6 | 2 | 15:12 | 3 | 15 |
| 9 |
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TSV 1860 München II | 11 | 4 | 2 | 5 | 17:17 | 0 | 14 |
| 10 |
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Viktoria Aschaffenburg | 11 | 3 | 4 | 4 | 12:13 | -1 | 13 |
| 11 |
|
SSV Reutlingen | 12 | 3 | 4 | 5 | 14:25 | -11 | 13 |
| 12 |
|
1. FC Eintracht Bamberg | 11 | 3 | 3 | 5 | 21:27 | -6 | 12 |
| 13 |
|
SC Pfullendorf | 11 | 3 | 3 | 5 | 11:18 | -7 | 12 |
| 14 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 12 | 2 | 5 | 5 | 9:13 | -4 | 11 |
| 15 |
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SpVgg Unterhaching II | 11 | 3 | 2 | 6 | 17:25 | -8 | 11 |
| 16 |
|
SC Freiburg II | 12 | 3 | 2 | 7 | 12:26 | -14 | 11 |
| 17 |
|
Karlsruher SC II | 11 | 3 | 1 | 7 | 13:19 | -6 | 10 |
| 18 |
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TSV Großbardorf | 12 | 0 | 3 | 9 | 8:29 | -21 | 3 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
