# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hessen Kassel, Deutschland Hessen Kassel 25 15 5 5 50:24 26 50
2 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 25 15 5 5 44:28 16 50
3 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 25 13 7 5 52:28 24 46
4 SSV Ulm 1846, Deutschland SSV Ulm 1846 25 11 12 2 44:21 23 45
5 Eintracht Frankfurt II, Deutschland Eintracht Frankfurt II 25 13 6 6 40:26 14 45
6 Waldhof Mannheim, Deutschland Waldhof Mannheim 25 13 3 9 41:27 14 42
7 SV Wehen Wiesbaden II, Deutschland SV Wehen Wiesbaden II 25 13 3 9 32:22 10 42
8 SC Pfullendorf, Deutschland SC Pfullendorf 25 11 5 9 36:33 3 38
9 1. FC Eintracht Bamberg, Deutschland 1. FC Eintracht Bamberg 25 11 5 9 44:44 0 38
10 TSV 1860 München II, Deutschland TSV 1860 München II 25 10 5 10 39:34 5 35
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 25 8 7 10 27:26 1 31
12 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 25 7 8 10 31:37 -6 29
13 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 25 6 10 9 26:32 -6 28
14 SSV Reutlingen, Deutschland SSV Reutlingen 25 7 6 12 30:46 -16 27
15 Karlsruher SC II, Deutschland Karlsruher SC II 25 7 4 14 27:47 -20 25
16 SC Freiburg II, Deutschland SC Freiburg II 25 6 5 14 26:48 -22 23
17 SpVgg Unterhaching II, Deutschland SpVgg Unterhaching II 25 3 5 17 25:54 -29 14
18 TSV Großbardorf, Deutschland TSV Großbardorf 25 3 5 17 24:61 -37 14
  Aufstieg
  Abstieg

# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet.

# Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest.