1. Spieltag 30.07.1999 SC Pfullendorf - SSV Reutlingen 1:1
2. Spieltag 08.08.1999 VfB Stuttgart II - SC Pfullendorf 1:1
3. Spieltag 15.08.1999 SC Pfullendorf - FSV Frankfurt 3:2
4. Spieltag 21.08.1999 Quelle Fürth - SC Pfullendorf 1:3
5. Spieltag 28.08.1999 VfR Mannheim - SC Pfullendorf 1:1
6. Spieltag 31.08.1999 SC Pfullendorf - SV Darmstadt 98 3:0
7. Spieltag 04.09.1999 Wacker Burghausen - SC Pfullendorf 1:2
8. Spieltag 10.09.1999 SC Pfullendorf - Karlsruher SC II 1:0
9. Spieltag 18.09.1999 TSV 1860 München II - SC Pfullendorf 1:0
10. Spieltag 25.09.1999 SC Pfullendorf - FC Augsburg 3:0
11. Spieltag 03.10.1999 Borussia Fulda - SC Pfullendorf 1:3
12. Spieltag 09.10.1999 SC Pfullendorf - 1. FC Schweinfurt 05 3:1
14. Spieltag 23.10.1999 SC Pfullendorf - SV Wehen-Taunusstein 1:0
15. Spieltag 30.10.1999 SV Lohhof - SC Pfullendorf 0:5
16. Spieltag 07.11.1999 SC Pfullendorf - TSF Ditzingen 1:1
17. Spieltag 14.11.1999 Bayern München II - SC Pfullendorf 1:0 gelbe Karte
20. Spieltag 04.12.1999 FSV Frankfurt - SC Pfullendorf 0:1
18. Spieltag 11.12.1999 SSV Reutlingen - SC Pfullendorf 3:2
19. Spieltag 23.02.2000 SC Pfullendorf - VfB Stuttgart II 1:0
21. Spieltag 05.03.2000 SC Pfullendorf - Quelle Fürth 0:0
22. Spieltag 10.03.2000 SC Pfullendorf - VfR Mannheim 4:1
26. Spieltag 07.04.2000 SC Pfullendorf - TSV 1860 München II 2:2
27. Spieltag 15.04.2000 FC Augsburg - SC Pfullendorf 2:3
28. Spieltag 20.04.2000 SC Pfullendorf - Borussia Fulda 2:0
29. Spieltag 29.04.2000 1. FC Schweinfurt 05 - SC Pfullendorf 0:0
30. Spieltag 05.05.2000 SC Pfullendorf - VfR Aalen 2:0
31. Spieltag 13.05.2000 SV Wehen-Taunusstein - SC Pfullendorf 1:2
32. Spieltag 17.05.2000 SC Pfullendorf - SV Lohhof 2:1
34. Spieltag 27.05.2000 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1